Berdasarkan Permentan No. 12 Tahun 2023 tentang organisasi dan tata kerja unit pelaksana teknis lingkup Ditjen PKH, Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Ternak Denpasar memiliki struktur organisasi yang terdiri dari Kepala Balai, Kepala Substansi Bagian Tata Usaha, dan Jabatan Fungsional.

Berdasarkan Kepmentan No. 649/Kpts./OT.050/M/08/2025 tentang kelompok substansi dan tim kerja pada kelompok jabatan fungsional lingkup UPT Kementan, bahwa BPTU-HPT Denpasar memiliki struktur organisasi dibawah kepemimpinan Kepala Balai dan Kasubbag Tata Usaha yakni Tim Kerja Pelayanan Teknis, Tim Kerja Prasarana dan Sarana Teknis serta Tim Kerja Informasi dan Jasa Produksi.

Berdasarkan Keputusan Dirjen PKH No. 10193/kpts/OT.050/F/09/2024 tentang ketua kelompok substansi dan ketua tim kerja pada kelompok jabatan fungsional SATKER UPT DITJEN PKH maka telah diamanahkan kepada drh. Ni Wayan Patmawati, M.Si sebagai Ketua Tim Kerja Pelayanan Teknis, Maskur, S.Pt sebagai Ketua Tim Kerja Prasarana dan Sarana Teknis. Selanjutnya terdapat Perubahan Keputusan Dirjen PKH No. 10193/kpts/OT.050/F/09/2024 tentang ketua kelompok substansi dan ketua tim kerja pada kelompok jabatan fungsional SATKER UPT DITJEN PKH terkait penyerahan tugas kepada drh. Made Rahayu Kusumadewi, M.Si yang diamanahkan sebagai Ketua Tim Kerja Informasi dan Jasa Produksi.