Berawal dari menurunnya populasi Sapi Bali yang disebabkan oleh pemotongan sapi betina produktif dan ekspor Sapi Bali yang tidak terkendali. Penurunan populasi disertai penurunan mutu genetik Sapi Bali, maka pada tahun 1976, berdirilah proyek pembibitan dan Pengembangan Sapi Bali (P3 Bali), sesuai SK Menteri Pertanian No, 776/Kpts/Um/12/1976.

Tahun 1986 dibangun Pusat Pembibitan Pulukan (Breeding Centre Pulukan) di desa Pangyangan, Kecamatan Pekutatan, Kabupaten Jembrana, sebagai tempat uji dan seleksi Sapi Bali. Pada Tahun 2007, berdasarkan SK Menteri Pertanian No. 13/Permentan/OT.142/2/2007, P3 Bali ditingkatkan statusnya menjadi Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) Sapi Bali. Pada tahun 2013, berdasarkan SK Menteri Pertanian No. 52/Permentan/OT.140/5/2013, BPTU-HPT Denpasar berubah menjadi Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak (BPTU-HPT) Denpasar. 

Pada Tahun 2023 terdapat perubahan dalam Tatanan Organisasi, Tugas dan Fungsi BPTU-HPT Denpasar yang di atur dalam Permentan nomor 12 tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan

Selanjutnya terdapat perubahan Kembali pada Tahun 2025 berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia No. 9 Tahun 2025 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak yang selanjutnya disingkat BPTU-HPT