Kepala Balai mempunyai tugas memimpin dan bertanggung jawab terhadap operasional kegiatan di BPTU-HPT Denpasar.

Sub Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana program dan anggaran, pelaksanaan kerjasama, evaluasi dan pelaporan, pelaksanaan urusan kepegawaian, keuangan, tata usaha, dan rumah tangga serta penatausahaan barang milik negar

Kelompok Jabatan Fungsional, mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi UPT sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan 

BPTU-HPT Denpasar memiliki dua Breeding Center yakni

Breeding Centre Pulukan 
Jalan Raya Denpasar - Gilimanuk Desa Pangyangan, Kecamatan Pekutatan, Jembrana
Telp. (0365) 4765999

Breeding Center Dompu
Jalan Lintas Sumbawa, Kec. Manggalewa Desa Anamina, Kecamatan Maggalewa, Kabupaten Dompu NTB
Telp. (0373) 006181128