BPTU HPT Denpasar merupakan salah satu unit pelaksana teknis lingkup Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan yang telah menerapkan Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008 sejak tahun 2011. Pada bulan Desember 2011, BPTU HPT Denpasar telah menerima sertifikat implementasi Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008 dari PT. TUV Rheinland Indonesia dalam bidang pelestarian, pembibitan, pengembangan dan penyebaran bibit sapi Bali murni unggul. Dalam menjalankan tugas pokok dan fungsinya, BPTU HPT Denpasar dalam pelaksanaan kegiatan telah mengacu pada Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008.

Pada tanggal 8-9 Desember 2014, telah dilaksanakan recertification audit dari PT. TUV Rheinland Indonesia. Proses audit eksternal dilakukan pada Top Management, Manajement Representative, dan seluruh koordinator kegiatan. Selain itu auditor juga melakukan observasi pada fasilitas yang ada di BPTU HPT Denpasar. Tanggal 9 Desember tim auditor telah selesai melakukan kegiatan audit. Hasil audit dipaparkan dalam closing meeting yang dihadiri oleh Top Management, Management Representative, Kepala Seksi dan seluruh Koordinator kegiatan. Hasil yang diperoleh sangat baik, karena tidak ditemukan permasalahan atau penyimpangan yang procedural.

Hasil ini membuktikan bahwa dalam pelaksanaan tugas dan fungsinya BPTU HPT Denpasar selalu memperhatikan mutu produk yang dihasilkan dan menjamin kepuasan pelanggan. Selamat kepada BPTU HPT Denpasar yang telah mempertahankan Sertifikasi Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008.